Chiesi wurde 1935 in Parma, Italien, von Giacomo Chiesi gegründet, einem Chemiker, der davon träumte, Forschung zu betreiben. Mit dem Kauf der Laboratorio Farmaceutico Parmense begann seine Karriere als Unternehmer.
In den 1940er Jahren wuchs Chiesi ständig weiter und verkaufte bald Produkte ins Ausland bis nach Eritrea. Während des 2. Weltkriegs wurden Teile des Unternehmens bei einem Bombenangriff im Jahre 1944 zerstört. Erst nach Ende des Krieges konnte Chiesi seine Geschäfte wieder aufnehmen.
Für die folgende Produktion wurde erstmalig ein wissenschaftlicher Mitarbeiter eingestellt und die erste auf Penicillin basierende Salbe kam auf den Markt. Giacomo Chiesi suchte auch nach einem geeigneten Grundstück, um eine richtige Fabrik zu bauen. Diese Idee setzte er 1955 schließlich um. Der neue Arzneimittelbetrieb beschäftigte 50 Mitarbeiter und produzierte viele erfolgreiche Medikamente.
Im Jahr 1966 übernahmen die beiden Söhne, Alberto und Paolo Chiesi, die Geschäftsleitung. Chiesi Farmaceutici war zu diesem Zeitpunkt ein kleines Unternehmen, das aber schon auf den internationalen Märkten erfolgreich tätig war.
Ende der 70er Jahre eröffneten sie schließlich in Brasilien ihre erste Auslands-Niederlassung. 1979 brachte das Unternehmen sein erstes Asthmamedikament auf den Markt und ebnete damit den Weg des Unternehmens als Experte für Atemwegserkrankungen.
Ab den 1980er Jahren bereicherten entzündungshemmende Medikamente und Schmerzmittel das Chiesi-Sortiment. Im Jahr 1989 brachte das Unternehmen sein erstes entzündungshemmendes Präparat auf den Markt, das zudem eine hohe Magenverträglichkeit aufwies. Es wurde für den US-Markt zertifiziert, erhielt ein internationales Patent und konnte somit in über 60 Ländern vertrieben werden. Zehn Jahre nach dem Start in Brasilien hatte die Gruppe sowohl in europäische als auch nicht europäische Länder expandiert.
Seit 1987 verfügt Chiesi in folgenden Ländern und Regionen über eigene Tochtergesellschaften: Bulgarien, China, Deutschland, Frankreich, Griechenland, Großbritannien, Maghreb, Österreich, Osteuropa, Pakistan, Skandinavien, Spanien, Türkei und den USA. Darüber hinaus konzentrierte sich das Unternehmen, neben den therapeutischen Gebieten Atemwege und Herz-Kreislauf, zunehmend auf die Erforschung und Produktion von Arzneimitteln in den Bereichen Neonatologie und Seltene Erkrankungen sowie gegen Beschwerden des Bewegungsapparates und der Gefäße.
Die dritte Generation der Familie trat dem Unternehmen zwischen dem Ende des zweiten und zu Beginn des dritten Jahrtausends bei: Alessandro, Andrea, Giacomo und Maria Paola Chiesi. Ihr Beitrag führte zum Ausbau und zur Erweiterung der Forschung und Entwicklung bei Chiesi in allen therapeutischen Bereichen. 2008 gründete Chiesi die Holostem Advanced Therapies Ltd. und widmet sich seitdem dem Bereich regenerative Medizin. 2013 akquirierte das Unternehmen das dänische biopharmazeutische Unternehmen Zymenex und weitete sein Wirken auf den Bereich der Biotechnologie aus.
In Österreich hat Chiesi die Firma Torrex Pharma GmbH in Wien übernommen. 2011 wurde der Firmenwortlaut schließlich zu Chiesi Pharmaceuticals GmbH geändert. Alle Sales und Marketing Aktivitäten der Chiesi Gruppe in Österreich, der CEE und CIS Region werden von dem Wiener Standort aus koordiniert.